Untersuchung von Gewebeschnitten
Die häufigste Art Gewebeschnitte auszuwerten ist das Zählen der spezifisch gefärbten Zellen und der Bezug der Zellen auf die Fläche oder auf die Anzahl vorhandener Tumorzellen. Wir haben über dieses Verfahren hinaus auch noch die räumliche Verteilung berücksichtigt. Dies untersuchen wir einmal ob die Zellen wie zufällig verteilt vorliegen, oder z.B. durch Cluster der Zellen von einer zufälligen Verteilung abweichen. Zudem Untersuchen wir in Doppelfärbungen die Abstände zwischen verschiedenen Zelltypen und können damit die Interaktionen zwischen den Zelltypen ermitteln. Über beide Verfahren glauben wir die funktionelle Aktivität feststellen zu können und Aussagen darüber machen zu können, in welcher Weise der Tumor eine Immunantwort unterdrückt hat.
Bildanalyse
Zur Analyse der immunhistochemisch gefärbten Gewebeschnitte verwenden wir gewöhnlich Doppelfärbungen wie z.B. zytotoxische T-Zellen (CD8+) und regulatorische T-Zellen (FoxP3+). Die gesamten Schnitte werden dann eingescannt und mit dem von uns entwickelten Bildanalysesystem Biomas analysiert. Damit ist eine automatische Erkennung der epithelialen und stromalen Anteile des Tumors sowie die teilautomatische Erkennung der Entzündungszellen möglich. Ebenso erfolgt die Berechnung der Lage der verschiedenen Zellen zueinander in diesem System.